L'écotoxicologue travaille seul ou au sein d'un service spécialisé. Il collabore avec les décideurs pour les aider à comprendre les enjeux environnementaux. Selon l'entreprise, il peut être rattaché à la direction sécurité environnementale ou produit, aux directeurs industriels, aux responsables de l'écotoxicité environnementale ou aux responsables réglementaires (surtout dans l'industrie pharmaceutique ou des produits phytosanitaires). Ce spécialiste en écotoxicologie peut se rendre sur le terrain mais exerce principalement en laboratoire pour réaliser des tests ou analyser des échantillons. En cas de substances dangereuses, il prend les mesures de sécurité nécessaires. En travaillant sur son ordinateur, il effectue des analyses statistiques, compile des données, rédige des rapports, etc. L'écotoxicologue peut être employé par un bureau d'études spécialisé en évaluation des risques environnementaux, par des organismes de recherche publics et parapublics (Anses, CNRS, Inrae, Ineris, agences de l'eau...), par de grandes entreprises industrielles, notamment dans le secteur de la chimie, de la pharmacie, des cosmétiques, etc. Quelques postes sont également disponibles au sein des services du ministère de l'environnement.