La plupart des recrutements se font dans les hôpitaux. L'anatomiste salarié à l'hôpital est appelé praticien hospitalier et exerce en tant que médecin spécialisé, souvent en chirurgie, neurochirurgie ou neurologie. L'anatomiste hospitalo-universitaire travaille dans les CHU (centres hospitalo-universitaires) et consacre son temps aux soins, à l'enseignement et à la recherche. Dans les laboratoires universitaires ou les instituts de recherche comme l'Inserm, l'anatomiste est recruté en tant que fonctionnaire, après avoir réussi un concours sélectif. Il travaille principalement dans des laboratoires indépendants ou rattachés à de grands groupes. À l'avenir, on prévoit le développement de plateformes collaboratives associant recherche publique, recherche privée et PME de biotechnologie. L'anatomiste, autonome dans son travail, collabore étroitement avec une équipe de chercheurs, de doctorants, d'ingénieurs et de techniciens. En plus de ses heures de travail habituelles, l'anatomiste à l'hôpital effectue des gardes et des astreintes pour traiter les urgences.