Le médecin humanitaire intervient dans divers contextes tels que les soins d'urgence en cas de conflits ou de catastrophes, la mise en place de services de santé après une urgence, et les programmes de santé axés sur la prévention et l'éducation à long terme. Il peut être un médecin généraliste ou spécialiste, prenant en charge les consultations dans des centres mobiles ou des hôpitaux. En période de crise, il doit s'adapter à des ressources techniques limitées, notamment en cas de manque de médicaments, de matériel ou d'équipements tels que les radios et les examens biologiques. Une capacité de diagnostic précise est donc essentielle. Dans le cadre de programmes de développement, le médecin humanitaire évalue les besoins de la population et met en place des actions préventives, notamment en lien avec la tuberculose, les maladies tropicales, le VIH, ou la drogue. En tant que médecin nutritionniste, il peut diriger des projets de prévention de la malnutrition et superviser des centres de renutrition. Quel que soit le contexte, il encadre le personnel local, y compris les infirmiers, et peut être chargé d'analyser l'offre de soins du secteur, par exemple en réalisant une enquête sur les structures de santé d'une région.